位传给在世的弟弟，也就是最小的阿都刺因。当所有的兄弟都不在了，才能把汗位传给最年长的子侄。
但是汗位传到了第四代时，马黑麻私欲膨胀，联合了黑山派和卓沙迪一家掌控了汗国话语权，硬生生将汗位传给了儿子艾合买提。
虽然此举严重违反了汗国传统，但当掌握了政权和部分军权的大汗与掌控了教权的和卓联手时，其他人除了抗议也没什么有效的制衡办法。
唯有时任吐鲁番总督的阿都刺因公开站出来反对，并为此勾结了瓦剌蒙古一举将焉耆和塔尔布吉尔两城拿下，并击败了前来讨伐的侄孙帖木儿速檀，牢牢占据了吐鲁番地区。
从此之后吐鲁番地区名义上是叶尔羌汗国的一部分，实际上已经成了单独的汗国，既不听调也不听宣。