叶笙歌在彻底掌控东厂后，做的第一件大事，便是对东厂的内部架构进行改革。
他坐在值房中，面前摊着一份他亲手绘制的组织结构图，上面用细密的毛笔字标注着各个部门的职能和隶属关系。
他研究了东厂现有的运作模式，发现其中存在大量的职能重叠和权责不清的问题，情报收集和行动执行混在一起，监察和办案也没有明确的区分，导致各部门之间经常互相推诿或争功。
他决定从根本上改变这种混乱的局面。
他将东厂原有的架构打散，重新划分为三个独立的部门：情报司、行动司、监察司。
情报司负责情报的收集、整理和分析，由江鹤川担任司长；行动司负责具体的抓捕、搜查和武装行动，由韩铁衣担任司长；监察司负责内部纪律的监督和案件的复核，由沈听澜担任司长。
三个部门互不隶属，各司其职，但又相互配合，形成了一套完整而高效的运作体系。
改革推行之初，难免遇到一些阻力，有些老人习惯了过去的做事方式，对新架构不适应；有些人则因为利益受损而心生不满。
但叶笙歌态度坚决，对于那些消极怠工或暗中阻挠的人，毫不客气地予以调离或清退。
不到一个月的时间，新架构便在东厂中全面铺开，运转流畅，办事效率比之前提高了不止一倍。
沈玉楼被捕后，叶笙歌没有就此止步。
他让江鹤川和沈听澜对沈玉楼进行了深入的审讯，从他口中挖出了沈万源多年来在朝中编织的保护伞名单。
那份名单上的人不少，但真正起到关键作用的有三个：都察院的两位御史和户部的一位郎中。
这三个人多年来一直收受沈万源的贿赂，在朝中为他通风报信、掩盖罪行。
叶笙歌将证据整理好后，没有直接呈送御前，而是先交给了赵元朗。
赵元朗以刑部的名义立案调查，确认证据属实后，正式向皇帝提交了弹劾奏章。
皇帝看完奏章，批示了四个字：“依法办理。”
两名御史被罢官夺爵，发配边疆；那名户部郎中则被判处斩监候，家产抄没。
沈家的势力，至此被彻底铲除，再无翻身的可能。
沈家案尘埃落定后，皇帝又将清查田亩的任务交给了东厂。
这项任务比整顿盐政更加复杂，因为涉及的范围更广，全国各地的田亩数量、归属、等级、产量，都需要重新登记和核查，工作
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